1、底泥清洗：这种方法对处理河流和湖泊体黑臭味引起的内部污染更有效，例如，一些河流长期富集有机污染物，这种技术方案更有效。沉积物富含含磷化合物的情况也可以适当采用。
2、沉淀物的固定：这种方法很少看到，只有在复制的情况下，通常通过使用一些含铝和铁的化合物或废料，来固定沉淀物中的一些物质，也主要是针对磷的污染。
3、微生物分解：主要是利用微生物对水中的有机物进行分解的过程，有厌氧菌、好氧菌和兼性菌等几种。这种方法主要是针对黑臭的水作为一种促进方法，主要是增加水中的溶解氧含量，促进水中微生物对有机物的分解。
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